Saya es una estudiante que lleva una vida tranquila con su familia, con una excepción: ella no recuerda nada acerca de su vida anterior al último año. Un día, un inesperado evento transforma su pacífica vida en una aventura caótica. Un apuesto músico que viste de negro se aparece ante ella, su nombre es Hagi. En el momento en que pone en sus manos una katana, la historia comienza un nuevo curso.
La historia comienza en Okinawa, en una pequeña casa de té propiedad de George, el padre adoptivo de Saya. Saya es una chica normal, con una vida cualquiera hasta que una tarde en la escuela es atacada por un monstruo que parece un murciélago malforme y gigante, pero es rescatada por un misterioso joven vestido de negro quien carga un cello (violonchelo) siempre consigo y lleva la mano derecha vendada.
A partir de ese momento, el joven comienza a vigilar a Saya pero no se sabe mucho de él y Saya está confundida. Un día, algunos hombres que parecen agentes de alguna organización, se aparecen en la casa de té y comienzan a hablar con George, a quien encargaron el cuidado de Saya hasta que llegara la hora de hacerla recordar. Saya está confundida por lo que sucede y comienza a discutir, en ese momento se aparece otro de esos monstruos a quienes los agentes denominan como 'chiropteros', el chico del cello le entrega una katana a Saya y le explican que ella existe para destruir a esos monstruos. Saya se niega a usar el arma y George en un intento por salvarla es herido por el monstruo. Pronto George es llevado a un hospital del cual desaparece misteriosamente. Saya, al igual que Kai y Riku (los hijos de George) se encuentran angustiados y preocupados y deciden ir en búsqueda de los agentes que vieron aquel día para encontrar respuestas. Al encontrarlos, los agentes (Julia, David y Lewis) se presentan como Red Shield (Escudo Rojo), una organización encargada de proteger a la humanidad de la amenaza chiroptera y comienzan a investigar sobre el paradero de George.
Al poco tiempo descubren que se encuentra en un tipo de laboratorio e inician un ataque para rescatarlo. Al llegar al lugar se enfrentan a varios chiropteros a quienes combaten entre todos, incluyendo Saya a quien se le explicó que en cuanto su sangre entra en contacto con la sangre de un chiroptera, éste muere instantáneamente. Mientras exploran el lugar Saya comienza a tener recuerdos dolorosos de un pasado muy lejano y aún borroso. Tras un tiempo en los laboratorios encuentran a George quien ha sido infectado con algo llamado Delta 67 (sangre contaminada que transforma a los humanos en chiropteros). George le pide a Saya que lo mate mientras aún es un humano y ella tras negarse por varias ocasiones, termina accediendo y mata a su padre con su propia sangre.
